Une « pathocénose » désigne l’ensemble des maladies et de leurs manifestations dans une société, à une époque donnée. La pathocénose d’une ville du XXI° siècle diffère de celle d’un village du Moyen Âge.
Certaines transformations ont bouleversé la pathocénose. Au Néolithique, l’élevage a provoqué les épidémies d’origine animale (grippe, tuberculose, etc.). La sédentarisation et l’augmentation de taille des groupes sociaux ont majoré la contamination fécale. L’alimentation et bien d’autres facteurs ont contribué à ce bouleversement, nommé « première transition épidémiologique ».
La deuxième transition épidémiologique correspond à l’exode rural des XIX° et XX° siècles où la population urbaine est passée de 5% à 95% ! Disparition du contact avec la terre et ses parasites, lavage des aliments, disparition de la contamination fécale. L’environnement de l’homme est devenu « abiotique ».
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