Ce nouveau champ d’études élabore des arbres généalogiques à partir des traces relevées dans le génome du virus et d’algorithmes
Le grand public est habitué, grâce aux faits divers ou aux séries télé, à ce que l’ADN aide à confondre les coupables. Mais avec l’épidémie de Covid-19, un autre genre de police génétique est à la manœuvre. S’il ne fait aucun doute que le virus SARS-CoV-2 est bien le responsable de près de 165 000 morts, son patrimoine génétique est en train de révéler aux spécialistes quand il a infecté l’homme, d’où il vient, à quelle vitesse il se répand, combien de gens il a touchés…
Ces nouveaux policiers sont des phylodynamiciens, les représentants d’une discipline qui n’a pas vingt ans et qui montre tout son potentiel avec la pandémie en cours. La découverte du probable passage d’une chauve-souris à l’humain ? C’est la phylodynamique. L’origine d’une contamination dès novembre 2019 en Chine ? C’est encore elle. Les signes de ralentissement de l’épidémie dans certains pays ? Toujours elle. Les origines multiples de l’épidémie en France ? Encore et toujours elle…
« L’idée de la phylodynamique est que la manière dont les virus se propagent laisse des traces dans leur génome », précise Samuel Alizon, chercheur CNRS de l’équipe Evolution théorique et expérimentale du laboratoire Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle, à Montpellier. Ces traces sont si infimes qu’il convient de les examiner avec précaution pour les faire « parler », sous peine de se tromper lourdement. Il s’agit de tout petits changements dans l’enchaînement des quelque 30 000 « lettres » qui constituent le génome de ce virus. Une lettre seulement de différence entre deux génomes est déjà une information précieuse.